Universitas Alma Ata (UAA) didirikan oleh Yayasan Alma Ata dan dibina oleh para Cendikiawan Muslim dan Ulama. Yayasan Alma Ata itu sendiri berdiri di Yogyakarta pada hari Senin, tanggal 12 Rabiul Awal 1421 H (bertepatan dengan Hari Maulid Nabi MuhammadSAW) atau 5 Juni 2001. Perguruan Tinggi yang pertama kali didirikan oleh Yayasan Alma Ata adalah Sekolah Tinggi Ilmu Kesehatan (STIKES) yaitu pada tahun 2006 kemudian diikuti dengan berdirinya Sekolah Tinggi Ilmu Agama (STIA) Alma Ata pada tahun 2008. Perguruan Tinggi Alma Ata kemudian berubah status menjadi universitas pada tanggal 21 Desember 2015 yaitu Universitas Alma Ata. Saat ini terdiri dari empat fakultas, yaitu Fakultas Ilmu-ilmu Kesehatan, Fakultas Ilmu Tarbiyah dan Keguruan, Fakultas Ekonomi dan Bisnis, dan Fakultas Komputer dan Teknik.